Історія стажера – Mystery Paws

Мене звати Моніка Ндафуда, і я молода науковиця в CCF. Я мала можливість пройти навчання в Індії, в Індостанському коледжі мистецтв і наук, де отримала ступінь бакалавра з біотехнології. Оскільки я цікавлюся криміналістикою, я планую зосередити дослідження своєї магістерської дисертації на криміналістиці дикої природи. Проект дозволить мені ідентифікувати особин виду, які хижаки на худобу. Втрата худоби через хижацтво є проблемою, що постійно зростає як для комерційних, так і для комунальних фермерів у Намібії. Я маю намір використовувати ДНК слини, отриману з мазків туш та шерсті, зголеної навколо слідів укусів, для ідентифікації видів хижаків за допомогою секвенування ДНК.

Цього року мені довелося пограти в детектива та розкрити злочин проти дикої природи за допомогою криміналістики. У 2014 році на звалищі розплідника у Віндгуку було виявлено чотири відрізані лапи гепарда. Ці лапи були доставлені до CCF, і були зроблені спроби вилучити ДНК для аналізу, але жодних переконливих результатів не було отримано через низьку якість ДНК, вилученої з частково розкладеної тканини. Потім мені доручили це завдання…

Разом з керівником нашої лабораторії та старшим техніком я спробував розгадати таємницю походження цих лап. Ми хотіли знати, чи належать ці лапи одному гепарду, чи, можливо, це лапи чотирьох різних гепардів.

Ми почали з фізичного огляду лап і зробили такі спостереження: лапи дещо відрізнялися за розміром. Дві трохи менші лапи мали кігті роси, що вказувало на те, що це були передні лапи. Дві інші лапи виглядали трохи більшими і не мали кігтів роси, а отже, це мали бути задні лапи.

Наступним кроком було отримання чистих зразків для екстракції ДНК. Ми дійшли згоди, що слід використовувати видалення нерва, який проходить до нігтя. Тож я дослідив, як видаляти кігті великим котам, і нам вдалося витягти тканину.

Я провів екстракцію ДНК за допомогою нашого набору Qiagen для екстракції ДНК з крові та тканин. Я провів гель-електрофорез, щоб переконатися, що екстракція пройшла успішно. Враховуючи, що лапи частково розклалися, я очікував деяких труднощів, і результати підтвердили мої побоювання. Замість прозорих смуг я отримав мазки ДНК, які вказували на її деградацію. Однак я все ж таки проаналізував ДНК за допомогою мікросателітних маркерів.

Щоб дізнатися, чи це був один гепард, нам довелося провести мікросателітний тест. Мікросателіти, також відомі як короткі тандемні повтори (STR), – це ділянки повторюваної ДНК, в яких повторюються певні мотиви ДНК; 2-6 або більше пар основ. Вони мають вищий рівень мутацій, ніж інші ділянки ДНК, що призводить до високого генетичного різноманіття, тому їх можна використовувати для диференціації особин, незважаючи на загальне низьке генетичне різноманіття гепардів.

Використовуючи дві різні комбінації праймерів, а саме mPlex1 та mPlex3, ми провели ПЛР (полімеразна ланцюгова реакція) – метод, широко використовуваний у молекулярній біології для створення кількох копій певного сегмента ДНК.

Обидві комбінації праймерів показали ідентичні результати на всіх протестованих локусах, що вказує на те, що 4 лапи походять від одного гепарда, оскільки всі вони мали однаковий генотип. Завдяки цьому результату та новому методу екстракції ДНК мені вдалося розкрити свою першу судово-медичну справу, і я з нетерпінням чекаю на інші.